指分支長度和相鄰節(jié)點對之間的差異成比例的系統(tǒng)發(fā)生樹。
在一個帶全正電的分子和另一個帶全負電的分子之間發(fā)生的相互作用。
在替換矩陣中,每個位置的打分是在相關(guān)蛋白局部比對模塊中觀察到的替換的頻率而獲得的,每個矩陣被修改成一個特殊的進化距離。
指源自蛋白質(zhì)一級結(jié)構(gòu)的α螺旋、β折疊等局部結(jié)構(gòu)特征。